El Área de Sostenibilidad, Acción Social e Innovación de Aguas de Huelva coordina la implantación, el mantenimiento y las auditorias del sistema de gestión de calidad (ISO 9001) y gestión ambiental (ISO 14001). La obtención y renovación de estas certificaciones es un objetivo estratégico de la empresa. 
Estos Sistemas de Calidad se han auditado bajo las nuevas normas ISO 9001 e ISO 14001, adaptándose así a la “estructura de alto nivel” exigida por estas normas y cumpliendo con el periodo de transición de tres años. Esto ha desembocado en el desarrollo de las siguientes modificaciones:

• Contexto: aportando dos nuevos conceptos con relación a la organización. Por un lado, el conocimiento de las principales cuestiones que puedan afectar positiva o negativamente a la sistemática de la organización y, por otro lado, la comprensión de las necesidades y expectativas de las partes interesadas.
• Enfoque basado en los riesgos derivados de los procesos: determinando los riesgos e incluyéndolos en los requisitos establecidos para el desarrollo, implementación y mejora continua de la eficacia del sistema y el aumento de la satisfacción del cliente gracias al cumplimiento de los requisitos de éste.

Los Sistemas de Gestión de la Calidad y Gestión Ambiental están certificados en base a la Norma ISO 9001:2015 y Norma ISO 14001:2015  respectivamente.

Aguas de Huelva, dispone de un Sistema de Gestión de Seguridad y Salud Laboral certificad, mediante el cual se asegura la mejora continua en la aplicación de medidas y el desarrollo de las actividades necesarias para la prevención de los riesgos derivados de las actividades de los trabajadores, así como el cumplimiento con la reglamentación vigente.

Esto contribuye a crear un ambiente de trabajo adecuado, con condiciones de trabajo justas, donde los trabajadores pueden desarrollar su actividad con dignidad y donde es posible participar en la mejora de las condiciones de seguridad y salud.

El Sistema de Gestión de Seguridad y Salud Laboral en Aguas de Huelva está certificado en base a la norma ISO 45001.

Aguas de Huelva ha verificado su inventario de emisiones de gases de efecto invernadero (GEI) por una tercera parte independiente y conforme a UNE EN ISO 14064, obteniendo tras esta verificación el sello oficial para cada uno de los años de estudio del Registro Nacional de Huella de Carbono del MAPAMA creado como una herramienta de lucha contra el cambio climático y cuyo objetivo principal es impulsar el control (cálculo y reducción) de las emisiones generadas por parte de las organizaciones españolas.

El Sistema de Gestión de la huella de carbono en Aguas de Huelva está certificado en base a la norma UNE-ISO 14064-1-2019.